Hi,
drücke mal gleich beim Start die "Pause"-Taste und warte einige Sekunden ab, startet der Rechner dann sofort liegt es wohl daran dass wenigstens eine der Platten sich zu spät anmeldet. Bei einigen BIOSes kann man hierfür eine Wartezeit einstellen, alternativ geht auch die Option QuickBoot auf disabled zu stellen, damit hat die Platte etwas mehr Zeit.
Zusätzlich würde ich die Platten mal testen (HDTune oder was Ähnliches), könnte ja sein dass da was im Argen ist.
Gruß Gonozal