Du könntest statt eines echten Fensters auch ein absolut positioniertes DIV-Element mittels JavaScript generieren und dabei auf alle Gestaltungsmöglichkeiten zurückgreifen, die dir (X)HTML und CSS bieten.
Du müßtest nur selbst dafür sorgen, daß die restlichen Elemente der Seite zwischendurch nicht den Eingabefokus erhalten können; und auf diverse Browser-Inkompatibilitäten (besonders mit IE 6 und älteren Versionen) speziell Rücksicht nehmen; window.prompt() wird dagegen von beinahe allen JavaScript-fähigen Browsern (auch den "Oldtimern") unterstützt.