Hallo,
wenn du den Messenger ohnehin benutzt, was ist dann so schlimm daran, dass er per Autostart in den Systray gelegt wird?
Das mache ich mit meinem Skype freiwillig, ich hab das Teil allerdings auf den Status 'Als Offline anzeigen' eingestellt, damit nicht gleich überall herumerzählt wird, dass ich gerade den Rechner angeschaltet habe. Falls das dein eigentliches Anliegen sein sollte, da gibt es im Windows Messenger bestimmt eine vergleichbare Einstellmöglichkeit.
Gruß
Kalle