Ich würde nicht drauf wetten, das Virenscanner im abgesicherten Modus optimal laufen, da viele Treiber nicht geladen werden, und einige Teile vom Rechenr und von Windows inaktiv sind.
2 oder mehrere Suchprogramme können sich gegenseitig ausbremsen.
kannst du die Festplatte mal in einem anderen Rechner oder extern angeschlossen ausprobieren? das du nicht ins BIOS kommst, wenn die Festplatte angeschlossen ist, ist doch ein wenig merkwürdig.