Der Hinweis steht immer da, dass hat nichts damit zu tun ob Thunderbird läuft oder nicht. Das ist nur so eine Art Sicherheitshinweis, denn wenn Du zu viel editierst oder versehentlich was falsch machst, kann das weitreichende Folgen haben. Aber wenn über das Konfigurationsmenü nicht das zu ändern ist, was Du ändern willst, dann musst Du eben die Datei editieren.