das thema kannst du sowieso nicht einfach in pci-karte versus motherboard aufteilen.
wenn du dir motherboard testberichte anguckst, wirst du sehen dass selbst hier größere unterschiede in der performance der onboard schnittstellen vorherrschen und es "billige" anbindungen an den systembus sowie aufwändige lösungen gibt. darin unterscheiden sich die chipsätze erheblich.
imho