Da keiner weiß, um was für ein Script es sich handelt, was es bewirkt und in welcher Sprache es geschrieben ist und auch nicht von wo darauf zugegriffen wird, kann Dir die Frage niemand so richtig beantworten.
In den Webseiten, in die die Scripts eingebunden werden sollen, kannst Du dann den Pfad zum Script festlegen.
Es ist durchaus möglich mehrere Scrips in einen Ordner zu laden, sie dürfen dann natürlich nicht den gleichen Namen haben. Aber wenn die beiden unterschiedlichen Domains unterschiedliche Webseiten anzeigen sollen, dann macht es Sinn verschiedene Ordner zu verwenden. Wenn die beiden Domains die gleiche Website anzeigen sollen, dann könnte auch nur der eine Ordner verwendet werden.
Ob und wieviele Datenbanken Du brauchst, hängt wiederum davon ab, ob Deine Website / Webssites sie nutzt / nutzen oder nicht. Das kannst zur Zeit nur Du selber und jeder der Deine Website / Websites kennt entscheiden.