Hallo Bird,
ja, immer erst vergleichen, dann synchronisieren.
Eine Liste der zu synchronisierenden Ordner kannst du mit "Auswählen" und dem grünen Punkt mit dem Pluszeichen auf der rechten Seite ("Verzeichnispaar hinzufügen") anlegen.
Einzelne Jobs lassen sich speichern, damit du nicht immer alle Parameter neu eingeben musst (Datei -> Konfiguration speichern/laden).
Wenn du nach einer Weile mit der Bedienung vertraut bist, kannst du dir unter "Erweitert"eine Batchdatei (oder mehrere) erstellen - die vergleicht und synchronisiert per Doppelklick alles in einem Rutsch.
Es werden alle Dateien in den Ordnern und Unterordnern synchronisiert.
mfg
Merlin