Es gibt ein Linux Programm, das nennt sich
GParted und kann kostenlos herunter geladen werden.
Diese ISO Datei mußt du auf CD brennen und anschließend davon booten.
Dieses Programm ist in der Lage jedes Dateiformat in jedes andere Dateiformat umzuwandeln.
Mit diesem Programm könntest du erst mal die große Partition in NTFS formatieren, so das du dort dein Windows installieren kannst.
Bei diesen Meldungen die du erhälst, kann ich dir leider auch nicht weiter helfen, da diese mir noch nie unter gekommen sind.