Moin!
"Früher" wäre NTFS in Zusammenhang mit Linux ein Problem gewesen, aber seit geraumer Zeit beherrschen alle gängigen "Linuxe" das Lesen und Beschreiben des NTFS-Dateisystems.
Du kannst also beruhigt NTFS nehmen, es sei denn, du beabsichtigst, bei deinem Multibootsystem auch noch Win95/-98/-ME einzusetzen, denn die können mit NTFS nix anfangen.
Gruß
Klaus