Wo wäre denn der Unterschied zwischen einer internen und einer externen Platte?
Das Risiko ist überall gleich. Wenn bei der Defragmentierung einer internen Platte etwas schief geht, trifft es die Dateien, die zum Betriebssystem und/oder zu Programmen gehören. Wenn bei der Defragmentierung einer externen Platte etwas schief geht, trifft es die Dateien, die dort gespeichert sind. Ein gewisses Risiko besteht also immer.
Um Deine Frage zu beantworten: Du darfst eine externe Platte genauso defragmentieren wie eine interne - mit den gleichen Risiken. Wenn Du sicher gehen willst, speichere die Daten vorher; habe allerdings noch nie Schiffbruch bei einer Defragmentierung erlitten. Aber man weiss ja nie.