Hallo Christian,
möglicherweise geht das Laufwerk nach einer Weile Inaktivität in den Ruhezustand und Windows schaltet daraufhin den USB-Port aus. Dann wird er erst mit dem nächsten Anstecken eines Gerätes die Geräteerkennung wieder aktiviert und die Platte ist wieder da.
Gehe mal in den Gerätemanager, such die Platte und prüfe, ob unter Eigenschften - Energieverwaltung ein Häkchen ist, das dem Computer das Ausschalten des Gerätes erlaubt.
Möglicherweise findest du diese Eigenschaft auch erst unter der Rubrik USB-Controller im Gerätemanager.
Gruß
computerschrat