Ich gehe davon aus, dass die Anmeldung selber keinen Einfluss auf die Verschlüsselungsstärke von Windows hat - was windows benutzt liegt vermutluch an der Windows-Version (ältere benutzen DES, neuere AES, wie viel Bit die stark ist ist mir nicht klar - teilweise liest man 128Bit, was heutzutage etwas wenig ist.
Da du z.B. Passwort oder andere Anmeldetechniken in Windows ändern kannst, ohne dass alle verschlüsselten Daten neu verschlüsselt werden müssen, bedeutetet das natürlich das das eine mit dem anderen eigentlich nichts zu tun hat.
Du könntest also eine 4096 Bit stark verschlüsselte Zertifikats-Anmeldung mit einem USB-Stick benutzen, eventuell sind die Daten auf der Platte aber nur mit 128Bit verschlüsselt.
Wie schon erwähnt, wenn man es denn will sollte man sich schon klar sein über die Verschlüsselung und welche und wie stark die ist. z.B. indem man explizit selber mit etwas wie gnupg einen Schlüssel zum verschlüsseln erstellt und mit gnupg dann geziehlt verschlüsselt.
Also verschlüsselung - ist meist überflüssig, außer
1) Schutz von gespeicherten Personendaten als Firma.
2) Schutz von Patientendaten oder Anwaltsclientendaten.
3) Selbstschutz für Journalisten (z.B. in der Türkei oder Nordkorea).
4) aber auch verschleiern illegaler Geschäfte, illegale Pornos usw.